Vilso...
Eu li e entendi seu problema... É o seguinte:
Nenhum programa que crie menu pop up aceita quadros... apenas o principal ou seja o quadro em que está a página! Se você quer Que o sub menu não se esconda você terá de modificar o visual do seu site ou pleo menos o pedaço do menu e
Aumentar a largura do Iframe. Se você não quer fazer faça o seguinte:
O FW ele tem tudo o que você precisa no basico ao quase mais importante... Existe um tempo em que o menhu espera para fechar. No caso o menu fo FW tem o padrão de 3000 milésimos de segundo ou seja 3 seg. é simples agora. põe para o menu aparecer para baixo com o tempo de espera no zero assim poderá alternar entre os ítens sem problema.. isso vai causar um pouco de confusão com o usuário de seu site porém se você não quer complicar com o visual vai ter que complicar com o modo de utilização... Se não está satisfeito com nada... é o seguinte: não faz mais o site em quadros... Use tabelas!Caso não tenha intendido ainda retorne que eu vou te passar por imagens!