Oi!!
FAT e NTFS são sistemas de arquivos, sendo o FAT existente desde o MS-DOS (FAT, FAT12, FAT16) e sendo usado nos Win9X e ME, mas tmb aceito pelos da familia NT, e o NTFS sendo criado no WIndows NT e podendo ser usado no Windows 2000, XP Home e Pro, Windows 2003 e etc.
A diferença esta no desempenho, na segurança, na configuração do PC...
FAT(File Allocation Table )
Eu já li ( e tmb percebi isso entre máquinas iguais com sistema de arquivos diferente(FAT e NTFS)) que se vc tem uma máquina relativamente fraca, um HD antigo (lento na leitura, rotação e etc) vc deve preferir usar o FAT (FAT16, FAT32 (sendo este o mais usado em Windows 95OSR2, Windows 98/98SE e ME) mas é pouca a perca de desempenho.O FAT32 aceita no máximo 2TB de armazenamento e tmb deve ser usado em sistema Win9X e ME, sendo que esses não aceita o NTFS.
Não aproveita tanto o espaço do HD qto o NTFS (clusters maiores).
NTFS(New Technology Filesystem)
O sistema NTFS ele é um pouco mais "pesado" pois é mais seguro, maior desempenho, maior aproveitamento do espaço do HD (clusters menores de até 512B (tamanho de um setor)), permissões de acesso na rede (segurança) e etc.E tmb é o sistema de arquivos padrão dos sistemas NT (Win NT, XP, 2003).
Sistemas com FAT não reconhecem HD's e/ou partições com NTFS, mas sistemas com NTFS reconhecem HD's e/ou partições com FAT.
EX:Se vc tiver no micro duas partições uma com WIndows XP (com NTFS) e Windows 98 (com FAT32) qdo vc estiver no Windows XP vc vai "enxergar" a partição do windows 98, mas qdo estiver no Windows 98 vc não vai "enxergar" a partição do windows XP.
Se mquiser dar uma olhada
http://www.estudehardware.com.br/artigos_s...ma_arquivos.htm[]'s