Estou usando o Mprojet para importar um swf do flash, depois de importado quando clico em um botão para executar um outro programa a tela do autorum fica por cima do programa aberto e tinha que ser ao contrario.

Alguem sabe o porque?

Olá!
Você precisa configurar a "Zorder", atribua as seguintes funções de acordo com sua intenção no actionscript do flash:
mWindow.setZOrder("BOTTOM"); //esta janela estará sempre atrás, mesmo selecionada.
mWindow.setZOrder("TOP"); //esta janela estará sempre a frente, mesmo não selecionada.
mWindow.setZOrder("STANDARD"); //esta janela estará a frente quando selecionada, ou aberta por último (automático).

Espero ter ajudado!
Abraço!