Amigo eu nao expert...mas...é necessário para uma melhor organizaçãode seus arquivos....
Com o hd particionado (com partição física), por exemplo uma, uma unidade esta com Bad Block e outras coisa... cheios de fragmentos... a outra unidade pode te salvar...
Para a tranferência de arquivos na ora de uma formatação... e auxilio de 2 sistemas operacionais... como eu por exemplo...
Espero que ajudado