Através da janela de otimização é possível, basta você definir o tipo como GIF e usar o conta gotas, disponível na mesma janela com um símbolo de "+" ( Não confundir com o conta gotas tradicional ). Esse conta gotas especial permite você deixar qualquer cor transparente depois de exportado, basta clicar sobre ela - O "+" ali não esta a toa ! - Existem também ao lado dele os conta gotas "-" e "=", que falam por si mesmos.
Avise, se não for exatamente isso que procura.